Le Directeur Général est nommé par arrêté du Ministre chargé de l’Urbanisme, après consultation du Préfet de la région Lorraine et du Président du Conseil d’Administration. Les fonctions de Directeur Général sont incompatibles avec celles de membre du Conseil d’Administration.

Le Directeur Général est chargé de l’instruction préalable des affaires qui sont de la compétence de l’Etablissement public. Il assiste de droit aux réunions du Conseil d’Administration et du Bureau. Il en prépare et exécute les décisions, en particulier le programme pluriannuel d’intervention et ses tranches annuelles, l’état prévisionnel des recettes et des dépenses. Il gère l’Etablissement, le représente, passe les contrats, este en justice, prépare et conclut les transactions dans les conditions fixées par le Conseil d’Administration. Il est ordonnateur des recettes et des dépenses. Il recrute le personnel et a autorité sur lui. Il peut déléguer sa signature.

Le premier Directeur, Jacques JUNG, a été désigné par arrêté ministériel du 19 décembre 1973. Jacques PIERSON  lui a succédé en qualité de Directeur Général de l'Etablissement, par arrêté du 11 juin 1980. Pascal GAUTHIER a été nommé Directeur Général par arrêté du 24 août 2005. Jean-Christophe COURTIN assume la fonction de Directeur Général Adjoint, depuis le 1er mai 2006.

Les services sont organisés pour faire face aux trois "métiers" de l'établissement : l'action foncière, la reconversion et la gestion patrimoniale. Par ailleurs, pour renforcer les moyens de suivi prospectif, budgétaire et opérationnel, un contrôle de gestion, une mission budget et une démarche qualité ont récemment été mis en place. 80 personnes sont en poste à l'EPF Lorraine.

La gestion financière et comptable de l’Etablissement s’inscrit dans le cadre de la réglementation générale sur la comptabilité publique.

L’Agent Comptable de l’Etablissement est désigné par le Préfet de région après avis du Trésorier-Payeur Général de région.

Le premier Agent Comptable était le Receveur-Percepteur de Pont-à-Mousson. Serge SARRAZIN lui succède en 1976.

Monique MOMPEURT a été nommée Agent Comptable par arrêté du 13 juin 2002.